Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið „Verulega áhugaverður fávitaskapur“ Innlent Hópur fólks hafi setið um matinn í frískápnum Innlent Slagsmál brutust út eftir árekstur Innlent Ein stærsta drónaárásin á Rússland frá upphafi stríðsins Erlent „Ég veit ekki hvað annað ég get gert til að hjálpa hvölunum“ Innlent Hyggjast sekta leigusala sem skrá ekki samninga Innlent Systir Ming Ting: Catherine „ekki sjálfstæð“ Innlent Þessi fjórtán voru sæmd fálkaorðunni Innlent „Þetta er eitthvert langsóttasta bull sem ég hef heyrt“ Innlent Klórför eins og þegar fólk „reynir að losa sig úr kyrkingunni“ Innlent Fleiri fréttir Vilja segja „já til að sjá“ „Þetta er eitthvert langsóttasta bull sem ég hef heyrt“ Annmarkar á fleiri en einu stigi málsins Landsréttur sýknar Sindra og Ísidór af hryðjuverkaákæru „Ég veit ekki hvað annað ég get gert til að hjálpa hvölunum“ Systir Ming Ting: Catherine „ekki sjálfstæð“ „Þurfum að passa okkur að vera ekki einföld“ Ekki hafi verið ásetningur um að bana sambýliskonunni Klórför eins og þegar fólk „reynir að losa sig úr kyrkingunni“ Hyggjast sekta leigusala sem skrá ekki samninga Jón Björn ráðinn sveitarstjóri Þingmenn beðnir um að vera á tánum og tímamót í golfsögu Íslendinga nálgast Mótmælendur ekki kærðir eftir truflun á þingfundi Jón Magnús frá Ölmu og aftur á spítalann Hópur fólks hafi setið um matinn í frískápnum Bein útsending: Samtal um þjóðaröryggi – Lýðræði á tímum upplýsingaóreiðu Myndaveisla: Norðlendingar fögnuðu á 17. júní „Verulega áhugaverður fávitaskapur“ Myndaveisla: Þjóðhátíðardagur Íslendinga haldinn hátíðlegur Slagsmál brutust út eftir árekstur Rubio óskar Íslendingum til hamingju með daginn Þessi fjórtán voru sæmd fálkaorðunni Kölluð á vettvang vegna rifrildis þar sem annar tók upp hníf Sex þúsund símar nái mögulega ekki sambandi við Neyðarlínu Biðja allar stofnanir bæjarins um að flagga í allt sumar Ræða Höllu: Styrkleikar Íslendinga, samtakamáttur og skoðanaskipti Elín Hall er fjallkonan í ár Rændu sjónvarpi og flúðu á brott Sérsveitin kölluð til í nótt vegna vopnaburðar á hóteli í miðborginni Malbika í gegnum hólana í Vatnsdal Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið „Verulega áhugaverður fávitaskapur“ Innlent Hópur fólks hafi setið um matinn í frískápnum Innlent Slagsmál brutust út eftir árekstur Innlent Ein stærsta drónaárásin á Rússland frá upphafi stríðsins Erlent „Ég veit ekki hvað annað ég get gert til að hjálpa hvölunum“ Innlent Hyggjast sekta leigusala sem skrá ekki samninga Innlent Systir Ming Ting: Catherine „ekki sjálfstæð“ Innlent Þessi fjórtán voru sæmd fálkaorðunni Innlent „Þetta er eitthvert langsóttasta bull sem ég hef heyrt“ Innlent Klórför eins og þegar fólk „reynir að losa sig úr kyrkingunni“ Innlent Fleiri fréttir Vilja segja „já til að sjá“ „Þetta er eitthvert langsóttasta bull sem ég hef heyrt“ Annmarkar á fleiri en einu stigi málsins Landsréttur sýknar Sindra og Ísidór af hryðjuverkaákæru „Ég veit ekki hvað annað ég get gert til að hjálpa hvölunum“ Systir Ming Ting: Catherine „ekki sjálfstæð“ „Þurfum að passa okkur að vera ekki einföld“ Ekki hafi verið ásetningur um að bana sambýliskonunni Klórför eins og þegar fólk „reynir að losa sig úr kyrkingunni“ Hyggjast sekta leigusala sem skrá ekki samninga Jón Björn ráðinn sveitarstjóri Þingmenn beðnir um að vera á tánum og tímamót í golfsögu Íslendinga nálgast Mótmælendur ekki kærðir eftir truflun á þingfundi Jón Magnús frá Ölmu og aftur á spítalann Hópur fólks hafi setið um matinn í frískápnum Bein útsending: Samtal um þjóðaröryggi – Lýðræði á tímum upplýsingaóreiðu Myndaveisla: Norðlendingar fögnuðu á 17. júní „Verulega áhugaverður fávitaskapur“ Myndaveisla: Þjóðhátíðardagur Íslendinga haldinn hátíðlegur Slagsmál brutust út eftir árekstur Rubio óskar Íslendingum til hamingju með daginn Þessi fjórtán voru sæmd fálkaorðunni Kölluð á vettvang vegna rifrildis þar sem annar tók upp hníf Sex þúsund símar nái mögulega ekki sambandi við Neyðarlínu Biðja allar stofnanir bæjarins um að flagga í allt sumar Ræða Höllu: Styrkleikar Íslendinga, samtakamáttur og skoðanaskipti Elín Hall er fjallkonan í ár Rændu sjónvarpi og flúðu á brott Sérsveitin kölluð til í nótt vegna vopnaburðar á hóteli í miðborginni Malbika í gegnum hólana í Vatnsdal Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09